ショッピング系のサイトのSEO対策を結構やってますが、ページ数の多いサイト構成の場合、非常に上がりにくい気がしてます。理由は先にも少し述べましたが、似通ったページが大量にあることが多いからなのですね。Googleはページ単位でしっかりサイト全体を見てますから、そういったほぼ一緒のページがたくさんあればサイト評価を下げるわけです。そんなことで下げるかという話ですが、アルゴリズム的にそんな感じなので仕方ないですね。
打開策としてはnoindexでインデックスさせないか、canonicalタグで調整するかでしょう。ECサイトもそうなのですが、不動産サイトのロングテールSEOなどでも同様のことが言えます。不動産も非常にSEOが難しいですね、特に下層ページの地域ワードの組み合わせが。徹底的にサイト内のチューニングを行う必要がありそうです。
SEO対策をやっているとリンク主導になりがちです。私もお客様のサイトのSEO対策はほぼ100%リンク施策です。理由としてはそっちのほうが上がるからです。逆に上位表示させようと思えばリンクが要るからです。しかしながら、それもそうなのですが上がりにくくなったりした場合、意識をサイト内に持っていくことも重要なわけなんですよね。バランスが大事です。